Il Museo Kircheriano continuò pochi anni dopo l’unità d’Italia nel 1870.

Il Museo continuò sotto la direzione prima di De Ruggiero, e poi di Luigi Pigorini . Con la legge 1402 del 19 giugno 1873 il museo Kircheriano venne configurato come primo museo statale di Roma. La sua dissoluzione verrà sancita con un decreto del 1913.

Vedrà la sua collezione divisa tra diverse istituzioni: i musei universitari dell' Università "La Sapienza" per le collezioni naturalistiche, il museo astronomico collegato all'Osservatorio Calandrelli diretto da padre Angelo Secchi fino alla sua morte nel 1878, il museo di Villa Giulia per le antichità etrusche, il museo Pigorini per le antichità etnografiche, ciò che diventerà il Museo Nazionale Romano per collezioni di arte antica e numismatica.

Nel 1875, viene fondato il Regio Museo Nazionale Preistorico Etnografico di Roma. Secondo le intenzioni del fondatore, Luigi Pigorini, la nuova istituzione nasceva per raccogliere in un museo “centrale”, nella nuova capitale del Regno, la documentazione delle culture preistoriche italiane, europee ed extraeuropee, e delle culture definite “primitive”. In questo museo vengono integrati reperti secenteschi conservati nel Museo Kircheriano e provenienti dalle missioni dei Gesuiti in Cina, Brasile, Canada.

La Collezione Kircheriana del Museo Nazionale Etrusco di Villa Giulia è ricca e interessante. Tra le molte opere ne figurano due importanti : l’Aratore di Arezzo e la Cista Ficoroni.

Una grande quantità di materiali confluì  nel Medagliere del Museo Nazionale Romano, tra cui la raccolta di aes grave, parte delle collezioni di medaglie e moltissime monete e oggetti votivi (tra cui i famosi bicchieri con itinerario) provenienti dalla stipe di Vicarello (Roma).

Trattati di cosmologia e le magnifiche Tavole Sciateriche

Tra il 1876 e il 1975 la Biblioteca nazionale ha occupato la galleria con le volte a crociera del Collegio Romano.

Con la fine dell’Osservatorio Astronomico presso il Collegio Romano alcuni importanti reperti kircheriani sono andati a formare la sala Kircher del Museo dell’INAF di Monte Porzio Catone (Roma), ovvero trattati di cosmologia e le magnifiche Tavole Sciateriche, orologi solari incisi su tavole di ardesia, con splendide incisioni raffiguranti il calendario gregoriano, i segni zodiacali, il calcolo delle feste religiose come la Pasqua.

Nel corso del Novecento altri reperti provenienti dalla Cina sono passati a Palazzo Venezia, mentre una parte delle collezioni naturalistiche ha trovato posto nei musei universitari, qualcosa nel museo di Zoologia, ma soprattutto un’ampia collezione botanica presso il Museo Erbario. L’erbario è costituito da 42 fascicoli per un numero complessivo di 5488 esemplari . All’erbario è conservata la spermatoteca, risalente al XVIII secolo è attribuita a Liberato Sabbati (1714 – 1779), insigne botanico e chirurgo, custode dell’Orto Botanico di Roma dal 1749 al 1779. Comprende semi e parti di piante conservati in vasetti di vetro.

Nel 2001 la mostra  " Athanasius Kircher. Il Museo del Mondo. Macchine, esoterismo, arte", curata da Eugenio Lo Sardo, tenutasi a Palazzo Venezia, ha messo insieme temporaneamente diversi reperti dell’antico Kircheriano. Il riallestimento del Wunder Musaeum, grazie alla Fondazione Roma, nel 2015 ha fatto parte di un circuito del Barocco collegato alla mostra a Palazzo Cipolla “Barocco e la meraviglia delle arti”.